Ondokuz Mayıs Üniversitesi su kaynaklarının sürdürülebilir kullanımı ve yeşil kalkınmanın önemi bilinciyle suyun bilinçli tüketimine ve yönetimine önem vermektedir. Ancak üniversitemizin geniş kampüse sahip olması ve rekreasyon alanlarının yaygınlığı, personel ve öğrenci sayısının yoğunluğu sebebiyle içme ve kullanma suyuna yüksek oranda ihtiyaç duymaktadır. Ondokuz Mayıs Üniversitesi, içme ve kullanma suyu ihtiyacını Karakavuk Göleti’nden temin etmektedir. Göletten alınan ham su terfi merkezine kadar getirilmekte, terfi merkezinden ham su deposuna alınmaktadır. Arıtma işlemine tabi olacak ham su cazibe ile içme ve kullanma suyu arıtma tesisine giriş yapmaktadır. Tesiste arıtılan su ile ihtiyaç duyulan suyun dengelemesinin yapılabilmesi maksadı ile 1000 m3 hacminde temiz su haznesi bulunmaktadır. Mevcut tesis deposundan ayrı olarak üst kampüsü ihtiyacını karşılayan tesis deposundan beslenen 5000 m3 hacminde depo bulunmaktadır. Üniversitemiz İçme ve Kullanma Suyu Arıtma Tesisinden elde edilen suyun kalitesi Sağlık Bakanlığımızın İnsani Tüketim Amaçlı Sular Hakkındaki Yönetmeliği kapsamında takip edilmektedir.
İçme ve Kullanma Suyu Arıtma Tesisinde 2021-2022 eğitim öğretim yılı başlangıcından itibaren günde 2160 m3 su arıtılmaktadır. Üretilen suyun yaklaşık günlük 150 m3 kadarı tesis içi işlemlerde (geri yıkama vs.) kullanılmaktadır. 2010 m3 kadar su kullanıma verilmektedir.
Ondokuz Mayıs Üniversitesi bünyesinde yer alan ve işletilen bir atıksu arıtma tesisi mevcut değildir. Bu nedenle üniversitemizde oluşan atıksular Samsun Büyükşehir Belediyesi kanalizasyon hattına bağlıdır. Yağmur suyu da yüzey akışlı sistemle bu hatta bağlı olup ayrı toplanmamaktadır.